Como te dice Kabuto, para unir videos va bien mkvmerge, Handbrake no he usado.
Yo también he usado para unir, pero sobre todo para cortar trozos el AVS Video ReMaker, porque no recodifica el archivo que es importante, no solo porque no pierde calidad, sino porque lo hace mucho más rápido. El Mkvmerge tampoco recodifica.
El Avs Video Remaker viene muy bien si has grabado algo de la tele con anuncios y quieres quitarlos, lo hace rapidito.