Normalmente casi todos los decos utilizan el sistema FAT32 (para tener compatibilidad con windows) y lo único que pasa es que cada 4 Gb te partirá el archivo y te creara otro, a no ser que este en otro formato que si pueda manejar archivos más grandes de 4 Gb.
Respecto a lo de conectar un disco duro no debería tener más problema que aguante el amperaje para darle corriente a este disco, que suelen ser los voltajes normales que da un USB (500 mA) y no suele haber problemas, así que en teoría no deberías tener problemas en tener un pendrive o un disco duro.